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Brain's Base è stato fondato nel luglio 1996 da Jūkō Ozawa[2] e da alcuni ex-dipendenti di Tokyo Movie Shinsha (oggi conosciuta come TMS). Le prime opere dello studio erano OAV basati sui lavori di Gō Nagai, la sua prima produzione indipendente è stato il film Kaze o mita shōnen nel 2000[3], e nel 2002 lo studio ha esordito in televisione con Daigunder[4]. Tra le produzioni più rilevanti dello studio ci sono gli adattamenti animati di Baccano!, Natsume's Book of Friends e Durarara!!.
Lo studio ha sede a Mitaka in Tokyo[2] e nel 2022 contava 62 dipendenti, con un'età media di 29 anni e mezzo[1].